Tras el mundial de Alemania, se van Abbondanzieri, Insúa y Bilos y se incorporan Bobadilla y Dátolo. El equipo gana sus cinco primeros partidos en forma clara y parece inexorable la obtención del tricampeonato. Pero el destino quiso que desde la AFA se designara a Alfio Basile como entrenador de la Selección y los dirigentes de Boca negociaron para retenerlo hasta la 6ta. fecha, reemplazándolo por Ricardo La Volpe, al que le cuesta mantener el nivel del elenco xeneize. Por la diferencia obtenida desde el comienzo, parecía que Boca ganaría el torneo de todos modos, pero dos derrotas inesperadas en las fechas finales llevan la definición a una final única. Es derrota y se cierra en forma increíblemente decepcionante un año que había sido muy bueno.
| Día | Partido | Resultado | Estadio | C | |
|---|---|---|---|---|---|
| 06/08/2006 | Fecha 1 | Boca 3 - Banfield 0
 06/08/2006 |
Boca Juniors | L | |
| 12/08/2006 | Fecha 2 | R. Central 1 - Boca 2
 12/08/2006 |
Rosario Central | V | |
| 19/08/2006 | Fecha 3 | Boca 1 - Independiente 0
 19/08/2006 |
Boca Juniors | L | |
| 27/08/2006 | Fecha 4 | San Lorenzo 1 - Boca 7
 27/08/2006 |
San Lorenzo de Almagro | V | |
| 03/09/2006 | Fecha 5 | Boca 2 - Estudiantes (LP) 0
 03/09/2006 |
Boca Juniors | L | |
| 17/09/2006 | Fecha 7 | Boca 0 - Godoy Cruz (Mza.) 0
 17/09/2006 |
Boca Juniors | L | |
| 24/09/2006 | Fecha 8 | Nueva Chicago 0 - Boca 1
 24/09/2006 |
Nueva Chicago | V | |
| 01/10/2006 | Fecha 9 | Boca 3 - Vélez 2
 01/10/2006 |
Boca Juniors | L | |
| 08/10/2006 | Fecha 10 | River 3 - Boca 1
 08/10/2006 |
River Plate | V | |
| 15/10/2006 | Fecha 11 | Boca 3 - Newell´s 1
 15/10/2006 |
Boca Juniors | L | |
| 29/10/2006 | Fecha 13 | Boca 2 - Argentinos 1
 29/10/2006 |
Boca Juniors | L | |
| 01/11/2006 | Fecha 12 | Racing 0 - Boca 0
 01/11/2006 |
Racing Club | V | |
| 05/11/2006 | Fecha 14 | Arsenal 1 - Boca 2
 05/11/2006 |
Arsenal | V | |
| 08/11/2006 | Fecha 6 | Gimnasia (LP) 1 - Boca 4
 08/11/2006 |
Ciudad de La Plata | V | |
| 12/11/2006 | Fecha 15 | Boca 3 - Quilmes 1
 12/11/2006 |
Boca Juniors | L | |
| 19/11/2006 | Fecha 16 | Gimnasia (J) 1 - Boca 2
 19/11/2006 |
Gimnasia y Esgrima (Jujuy) | V | |
| 26/11/2006 | Fecha 17 | Boca 4 - Colón (Sta. Fe) 1
 26/11/2006 |
Boca Juniors | L | |
| 03/12/2006 | Fecha 18 | Belgrano (Cba) 1 - Boca 0
 03/12/2006 |
Mario Kempes (Córdoba) | V | |
| 10/12/2006 | Fecha 19 | Boca 1 - Lanús 2
 10/12/2006 |
Boca Juniors | L | |
| 13/12/2006 | Desempate. Partido Único | Boca 1 - Estudiantes (LP) 2
 13/12/2006 |
Vélez Sársfield | N |
Boca ganó: 14 (70.00%)
Empató: 2 (10.00%)
Perdió: 4 (20.00%)
Goles convertidos: 42 (2.10)
Goles recibidos: 19 (0.95)
Total Partidos: 20 (73.33%)
| Jugador | Partidos | Goles |
|---|---|---|
Palacio, Rodrigo Sebastián
 Partidos jugados por Rodrigo Sebastián Palacio en Torneo Apertura 2006 |
20 | 12 |
Cardozo, Neri Raúl
 Partidos jugados por Neri Raúl Cardozo en Torneo Apertura 2006 |
20 | 4 |
Gago, Fernando Rubén
 Partidos jugados por Fernando Rubén Gago en Torneo Apertura 2006 |
20 | 1 |
Bobadilla, Aldo Antonio
 Partidos jugados por Aldo Antonio Bobadilla en Torneo Apertura 2006 |
20 | 0 |
Díaz, Daniel Alberto
 Partidos jugados por Daniel Alberto Díaz en Torneo Apertura 2006 |
19 | 3 |
Ledesma, Pablo Martín
 Partidos jugados por Pablo Martín Ledesma en Torneo Apertura 2006 |
19 | 0 |
Palermo, Martín
 Partidos jugados por Martín Palermo en Torneo Apertura 2006 |
16 | 11 |
Morel Rodríguez, Claudio Marcelo
 Partidos jugados por Claudio Marcelo Morel Rodríguez en Torneo Apertura 2006 |
16 | 0 |
Marino, Guillermo Andrés
 Partidos jugados por Guillermo Andrés Marino en Torneo Apertura 2006 |
15 | 2 |
Ibarra, Hugo Benjamín
 Partidos jugados por Hugo Benjamín Ibarra en Torneo Apertura 2006 |
15 | 0 |
Dátolo, Jesús Alberto
 Partidos jugados por Jesús Alberto Dátolo en Torneo Apertura 2006 |
13 | 0 |
Silvestre, Matías Agustín
 Partidos jugados por Matías Agustín Silvestre en Torneo Apertura 2006 |
12 | 1 |
Krupoviesa, Juan Angel
 Partidos jugados por Juan Angel Krupoviesa en Torneo Apertura 2006 |
11 | 2 |
Franzoia, Andrés
 Partidos jugados por Andrés Franzoia en Torneo Apertura 2006 |
11 | 1 |
Barros Schelotto, Guillermo
 Partidos jugados por Guillermo Barros Schelotto en Torneo Apertura 2006 |
10 | 1 |
Calvo, José María
 Partidos jugados por José María Calvo en Torneo Apertura 2006 |
10 | 0 |
Delgado, Marcelo Alejandro
 Partidos jugados por Marcelo Alejandro Delgado en Torneo Apertura 2006 |
6 | 0 |
Maidana, Jonathan Ramón
 Partidos jugados por Jonathan Ramón Maidana en Torneo Apertura 2006 |
6 | 0 |
Boselli, Mauro
 Partidos jugados por Mauro Boselli en Torneo Apertura 2006 |
5 | 2 |
Bertolo, Nicolás Santiago
 Partidos jugados por Nicolás Santiago Bertolo en Torneo Apertura 2006 |
4 | 1 |
Battaglia, Sebastián Alejandro
 Partidos jugados por Sebastián Alejandro Battaglia en Torneo Apertura 2006 |
3 | 1 |
Cahais, Matías
 Partidos jugados por Matías Cahais en Torneo Apertura 2006 |
3 | 0 |
Vargas, Fabián Andrés
 Partidos jugados por Fabián Andrés Vargas en Torneo Apertura 2006 |
2 | 0 |
Jugadores utilizados: 23
| Director Técnico | Partidos |
|---|---|
La Volpe, Ricardo Antonio
 Partidos dirigidos por Ricardo Antonio La Volpe en Torneo Apertura 2006 |
14 |
Basile, Alfio
 Partidos dirigidos por Alfio Basile en Torneo Apertura 2006 |
5 |
Ribolzi, Jorge Daniel
 Partidos dirigidos por Jorge Daniel Ribolzi en Torneo Apertura 2006 |
1 |
