Recuperándose del dolor por el campeonato perdido, Boca llegó a la final del octogonal, pero San Lorenzo lo vapuleó, aumentando la frustración. En una nueva chance, la final de la Liguilla de Perdedores, y ya con Carlos Aimar como entrenador, el elenco xeneize cae ante River y se queda sin nada.
| Día | Partido | Resultado | Estadio | C | |
|---|---|---|---|---|---|
| 03/06/1989 | Cuartos de Final. Partido de Ida | Chaco For Ever 0 - Boca 1
 03/06/1989 |
Chaco For Ever | V | |
| 07/06/1989 | Cuartos de Final. Partido de Vuelta | Boca 2 - Chaco For Ever 1
 07/06/1989 |
Boca Juniors | L | |
| 11/06/1989 | Semifinales. Partido de Ida | Boca 1 - Platense 1
 11/06/1989 |
Boca Juniors | L | |
| 14/06/1989 | Semifinales. Partido de Vuelta | Platense 1 - Boca 1
14/06/1989 |
Vélez Sársfield | V | |
| 19/06/1989 | Final. Partido de Ida | Boca 1 - San Lorenzo 1
 19/06/1989 |
Boca Juniors | L | |
| 22/06/1989 | Final. Partido de Vuelta | San Lorenzo 4 - Boca 0
 22/06/1989 |
Huracán | V | |
| 19/07/1989 | Final de Perdedores. Partido de Ida | River 0 - Boca 0
 19/07/1989 |
River Plate | V | |
| 24/07/1989 | Final de Perdedores. Partido de Vuelta | Boca 0 - River 0
 24/07/1989 |
Boca Juniors | L | |
| 27/07/1989 | Final de Perdedores. Desempate | Boca 1 - River 2
 27/07/1989 |
Vélez Sársfield | N |
Boca ganó: 2 (22.22%)
Empató: 5 (55.56%)
Perdió: 2 (22.22%)
Goles convertidos: 7 (0.78)
Goles recibidos: 10 (1.11)
Total Partidos: 9 (50.00%)
| Jugador | Partidos | Goles |
|---|---|---|
Latorre, Diego Fernando
 Partidos jugados por Diego Fernando Latorre en Liguilla 1988/89 |
9 | 3 |
Graciani, Alfredo Oscar
 Partidos jugados por Alfredo Oscar Graciani en Liguilla 1988/89 |
9 | 2 |
Marangoni, Claudio Oscar
 Partidos jugados por Claudio Oscar Marangoni en Liguilla 1988/89 |
9 | 1 |
Cucciuffo, José Luis
 Partidos jugados por José Luis Cucciuffo en Liguilla 1988/89 |
9 | 0 |
Navarro Montoya, Carlos Fernando
 Partidos jugados por Carlos Fernando Navarro Montoya en Liguilla 1988/89 |
9 | 0 |
Simón, Juan Ernesto
 Partidos jugados por Juan Ernesto Simón en Liguilla 1988/89 |
9 | 0 |
Soñora, Diego Luis
 Partidos jugados por Diego Luis Soñora en Liguilla 1988/89 |
9 | 0 |
Comas, Jorge Alberto
 Partidos jugados por Jorge Alberto Comas en Liguilla 1988/89 |
8 | 0 |
Villarreal, José Luis
 Partidos jugados por José Luis Villarreal en Liguilla 1988/89 |
8 | 0 |
Stafuza, Ivar Gerardo
 Partidos jugados por Ivar Gerardo Stafuza en Liguilla 1988/89 |
6 | 1 |
Tavares, Richard Edunio
 Partidos jugados por Richard Edunio Tavares en Liguilla 1988/89 |
5 | 0 |
Carrizo, Fabián Gustavo
 Partidos jugados por Fabián Gustavo Carrizo en Liguilla 1988/89 |
4 | 0 |
Erbín, Pablo Carlos
 Partidos jugados por Pablo Carlos Erbín en Liguilla 1988/89 |
4 | 0 |
Perazzo, Walter Osvaldo
 Partidos jugados por Walter Osvaldo Perazzo en Liguilla 1988/89 |
3 | 0 |
Tapia, Carlos Daniel
 Partidos jugados por Carlos Daniel Tapia en Liguilla 1988/89 |
3 | 0 |
Gutiérrez, Humberto Daniel
 Partidos jugados por Humberto Daniel Gutiérrez en Liguilla 1988/89 |
2 | 0 |
Pico, Walter Reinaldo
 Partidos jugados por Walter Reinaldo Pico en Liguilla 1988/89 |
2 | 0 |
Barberón, Alejandro Esteban
 Partidos jugados por Alejandro Esteban Barberón en Liguilla 1988/89 |
1 | 0 |
Berti, Sergio Angel
 Partidos jugados por Sergio Angel Berti en Liguilla 1988/89 |
1 | 0 |
Jugadores utilizados: 19
| Director Técnico | Partidos |
|---|---|
Pastoriza, José Omar
 Partidos dirigidos por José Omar Pastoriza en Liguilla 1988/89 |
6 |
Aimar, Carlos Daniel
 Partidos dirigidos por Carlos Daniel Aimar en Liguilla 1988/89 |
3 |
