El campeón de 1964 integra el Grupo 1 con The Strongest y Deportivo Quito, pasando de ronda fácilmente. En semifinales, en un duro triple enfrentamiento, queda eliminado por un gol de diferencia frente a Independiente, al no poder vencerlo en el decisivo tercer desempate tras 120 minutos de juego. Sería justamente el equipo de Avellaneda el que ganaría la competencia otra vez.
| Día | Partido | Resultado | Estadio | C | |
|---|---|---|---|---|---|
| 07/02/1965 | Primera Fase. Partido 1 | Dep. Quito (Ecu) 1 - Boca 2
 07/02/1965 |
Olímpico Atahualpa (Quito) | V | |
| 14/02/1965 | Primera Fase. Partido 2 | The Strongest (Bol) 2 - Boca 3
 14/02/1965 |
Hernando Siles (La Paz) | V | |
| 26/02/1965 | Primera Fase. Partido 3 | Boca 4 - Dep. Quito (Ecu) 0
 26/02/1965 |
Boca Juniors | L | |
| 05/03/1965 | Primera Fase. Partido 4 | Boca 2 - The Strongest (Bol) 0
 05/03/1965 |
Boca Juniors | L | |
| 24/03/1965 | Semifinales. Partido de Ida | Independiente 2 - Boca 0
 24/03/1965 |
River Plate | V | |
| 28/03/1965 | Semifinales. Partido de Vuelta | Boca 1 - Independiente 0
 28/03/1965 |
River Plate | L | |
| 05/04/1965 | Semifinales. Desempate | Boca 0 - Independiente 0
 05/04/1965 |
River Plate | N |
Boca ganó: 5 (71.43%)
Empató: 1 (14.29%)
Perdió: 1 (14.29%)
Goles convertidos: 12 (1.71)
Goles recibidos: 5 (0.71)
Total Partidos: 7 (78.57%)
| Jugador | Partidos | Goles |
|---|---|---|
Menéndez, Norberto
 Partidos jugados por Norberto Menéndez en Copa Libertadores 1965 |
7 | 3 |
Rattín, Antonio Ubaldo
 Partidos jugados por Antonio Ubaldo Rattín en Copa Libertadores 1965 |
7 | 2 |
Simeone, Carmelo
 Partidos jugados por Carmelo Simeone en Copa Libertadores 1965 |
7 | 1 |
Marzolini, Silvio
 Partidos jugados por Silvio Marzolini en Copa Libertadores 1965 |
7 | 0 |
Roma, Antonio
 Partidos jugados por Antonio Roma en Copa Libertadores 1965 |
7 | 0 |
Silvero, José María
 Partidos jugados por José María Silvero en Copa Libertadores 1965 |
7 | 0 |
Rojas, Alfredo Hugo
 Partidos jugados por Alfredo Hugo Rojas en Copa Libertadores 1965 |
6 | 3 |
Silveira, Alcides Vicente
 Partidos jugados por Alcides Vicente Silveira en Copa Libertadores 1965 |
6 | 2 |
Ayres Moraes Albuquerque
 Partidos jugados por Ayres Moraes Albuquerque en Copa Libertadores 1965 |
6 | 1 |
González, Alberto Mario
 Partidos jugados por Alberto Mario González en Copa Libertadores 1965 |
6 | 0 |
Grillo, Ernesto José
 Partidos jugados por Ernesto José Grillo en Copa Libertadores 1965 |
6 | 0 |
Orlando Pecanha de Carvalho
 Partidos jugados por Orlando Pecanha de Carvalho en Copa Libertadores 1965 |
6 | 0 |
Callá, Pedro Eugenio
 Partidos jugados por Pedro Eugenio Callá en Copa Libertadores 1965 |
1 | 0 |
Rulli, Juan Carlos
 Partidos jugados por Juan Carlos Rulli en Copa Libertadores 1965 |
1 | 0 |
Valentim, Paulo Angelo
 Partidos jugados por Paulo Angelo Valentim en Copa Libertadores 1965 |
1 | 0 |
Jugadores utilizados: 15
| Director Técnico | Partidos |
|---|---|
Pedernera, Adolfo Alfredo
 Partidos dirigidos por Adolfo Alfredo Pedernera en Copa Libertadores 1965 |
4 |
Deambrossi, Aristóbulo Luis
 Partidos dirigidos por Aristóbulo Luis Deambrossi en Copa Libertadores 1965 |
3 |
